По оценке Госконтроля, наблюдение за окружающей средой в Эстонии должным образом не организовано, поскольку у общественности и принимающих решения лиц отсутствует достаточная информация на этот счет, а данные о состоянии природы рассредоточены по базам данных около 40 учреждений.

Наиболее серьезным недостатком является то, что при наблюдением за состоянием окружающей среды не анализируется, какие данные действительно необходимы для принятия серьезных решений в области окружающей среды, отмечает Госконтроль.

Контроль состояния окружающей среды в течение многих лет проводился более чем на 4000 контрольных станциях, и в общей сложности замерялось свыше 200 показателей.

Имеющиеся данные, собранные в течение последнего десятилетия, часто очень сложно использовать, поскольку большая их часть хранится на бумаге или на устаревших к настоящему времени электронных носителях информации.

Результаты контроля собирает и публикует через регистр окружающей среды Информационно-технический центр Министерства окружающей среды. На организацию контроля состояния окружающей среды в 2006 году было затрачено около 20 миллионов крон. Помимо государственных учреждений, контроль также осуществляют предприятия и местные самоуправления. Условия проведения контроля устанавливают для предприятий экологические службы Министерства окружающей среды, а местные самоуправления сами организуют контроль.

Важность контроля состояния окружающей среды подтверждается, например, тем, что, по данным Европейского агентства по окружающей среде, причиной 6-13% всех заболеваний является загрязненная окружающая среда. Контроль помогает выявить источники загрязнения среды и затем спланировать действия по уменьшению загрязненности.Анализ результатов дает обзор состояния окружающей среды, выделяет связи между различными показателями в этой сфере и позволяет оценить состояние более крупной территории, а также спрогнозировать изменения в будущем.